依地籍清理條例規定，個別情形清理方式如下：一、更正登記：非以自然人、法人或依法登記之募建寺廟名義登記之土地權利，應辦理更正登記(第33條)。二、申報後申請更名登記：原以寺廟或宗教團體名義登記，於中華民國34年10月24日前改以他人名義登記之土地，自始為該寺廟或宗教團體管理、使用或收益者，經登記名義人或其繼承人同意，由該寺廟或宗教團體於申報期間內，檢附證明文件向土地所在地直轄市或縣(市)主管機關申報發給證明書；並於領得證明書後30日內，向該管登記機關申請更名登記(第34條)。三、同一主體之更名登記：以神祇、未依法登記之寺廟或宗教團體名義登記之土地，能證明登記名義人與適用監督寺廟條例之寺廟或宗教性質之法人確係同一主體者，由該寺廟或宗教性質之法人於申報期間內，檢附證明文件，向土地所在地之直轄市或縣(市)主管機關申報發給證明書；並於領得證明書後30日內，向該管登記機關申請更名登記(第35條)。四、非同一主體之申請代為讓售：以神祇、未依法登記之寺廟或宗教團體名義登記之土地，現為適用監督寺廟條例之寺廟或宗教性質之法人使用，未能證明登記名義人與現使用之寺廟或宗教性質之法人確係同一主體者，得由使用該土地之寺廟或宗教性質之法人於申報期間內，向土地所在地之直轄市或縣(市)主管機關，按當期公告土地現值，申請代為讓售予該寺廟或宗教性質之法人(第37條)。五、原本所有之申請贈與：日據時期經移轉為寺廟或宗教團體所有，而未辦理移轉登記或移轉後為日本政府沒入，於地籍清理條例施行時登記為公有之土地，自日據時期即為該寺廟或宗教團體管理、使用或收益，且該寺廟為適用監督寺廟條例之寺廟，該宗教團體為已依法登記之法人者，得由該寺廟或宗教性質之法人於申報期間內，向土地管理機關就其實際管理、使用或收益範圍，申請贈與之(第39條)。