直轄市或縣(市)主管機關應依地籍清理條例規定清查轄區內下列土地地籍：一、以日據時期會社或組合名義登記之土地(條例第17條)。二、神明會土地(條例第19條)。三、以神明會以外名義登記之土地，具有神明會之性質及事實(條例第26條)。四、於民國38年12月31日以前登記，非以法定不動產物權名稱登記者(條例第27條)，例：以典權或臨時典權登記之不動產質權、贌耕權、賃借權及其他非以法定不動產物權名稱登記者。五、民國38年12月31日以前登記之抵押權(條例第28條)。六、民國45年12月31日以前登記之地上權，未定有期限，且其權利人住所不詳或行蹤不明，而其土地上無建築改良物或其他工作物者(條例第29條)。七、民國34年10月24日以前之查封、假扣押、假處分登記(條例第30條)。八、共有土地，各共有人登記之權利範圍合計不等於一(條例第31條)。九、土地總登記時登記名義人登記之所有權權利範圍空白且現仍空白者(條例第31條之1)。十、土地總登記時或金門、馬祖地區實施戰地政務終止前，登記名義人之姓名、名稱或住址記載不全或不符者(條例第32條)。十一、非以自然人、法人或依法登記之募建寺廟名義登記之土地權利(條例第33條)。十二、原以寺廟或宗教團體名義登記，於民國34年10月24日前改以他人名義登記之土地，自始為該寺廟或宗教團體管理、使用或收益者(條例第34條)。十三、以神祇、未依法登記之寺廟或宗教團體名義登記之土地(條例第35、37條)。十四、日據時期經移轉為寺廟或宗教團體所有，而未辦理移轉登記或移轉後為日本政府沒入，登記為公有土地(條例第39條)。