1.依非都市土地使用管制規則第6條規定，非都市土地經劃定使用分區並編定使用地類別，應依其容許使用項目、許可使用細目及其附帶條件依同條附表一規定辦理，農牧用地容許（許可）作「農作使用」，屬免經申請許可使用細目，惟依「非都市土地容許使用執行要點」第4點規定「本規則附表一許可使用細目之適用範圍，由其目的事業主管機關（單位）認定」。是農牧用地上填土整地是否屬前開「農作使用細目」範疇，宜由農業主管機關認定。（改制前行政院農業委員會97年3月11日農企字第0970010646號函、內政部97年1月30日內授中辦地字第0970041185號函釋在案）
2.為確保農業生產環境之完整，推動安全農業施政，並避免地下水或土壤污染，農業部（改制前行政院農業委員會）已多次函釋農業用地填土之來源應為適合種植農作物之土壤，不得為砂、石、磚、瓦、混凝土塊、營建剩餘土石方或其他有害物質等。因此，應視個案實務及事實會審認定農地擅自填土之來源，是否為不得直接回填之物質，並分別依相關法令處罰或審慎核處。（改制前行政院農業委員會96年12月4日農企字第0960168045號函釋在案）